İslam halifelerinin yetmiş sekizincisidir ve Osmanlı padişahlarının on üçüncüsüdür. Üçüncü Murad hanın oğlu ve birinci Ahmed hanın babasıdır. Eğri fatihidir. 1566 da doğup, 1603 de vefat etti. Ayasofya camii bahçesindeki türbesindedir.

1593 de halife oldu. Celali eşkıyası ile ve Macarlarla uğraştı. İçkiyi sıkı yasak edip, bütün meyhaneleri kapattı. Bunun zamanında, 1603 de tütün içilmeye başlandı.

Mehmed Han, şehzadeliğinde; yüksek din, fen, idari ve askeri ilimleri, kıymetli âlimlerden öğrenerek yetiştirildi.

1583 de Manisa sancağı Valiliğine tayin edildi. Kumandanlık ve devlet idaresi siyasetini iyice öğrenmek için Manisa’ya gönderildiğinde yanına müderrisi Nasuh Nevali Efendi, lalası Sipahi Bey ile Defterdar Baş ruznamecisi Hasan Beyzade, Nişancı Lala Mehmed Paşa, Reisülküttab olarak da Abdurrahman Çelebi ve diğer vazifeliler verildi. Manisa’da valilik yaptı.

Babası Üçüncü Murad Hanın vefatından sonra Manisa’dan İstanbul’a gelip, sultan ilan edildi. İlk icraatı, devlet ve saltanatın emniyetini kuvvetlendirip, tayinlerde bulunmak oldu. Ulemadan Sadeddin Efendiyi hocalığına, Ferhad Paşayı Sadrazamlığa, Halil Paşayı da Kaptan-ı deryalığa tayin etti.

1593 den beri devam eden Avusturya harpleri esnasında, papa Sekizinci Clément’in teşvik ve propagandalarıyla, ahalisi Hıristiyan olan Osmanlı Devletine tâbi Erdel, Eflak ve Boğdan Voyvodalıkları Türklere karşı isyan ettiler. Sadrazam Ferhad Paşa, Eflak Seferi için Serdar-ı ekrem tayin edildi. 14 Mayıs 1595 de Eflak ve Boğdan’ın imtiyazlı prenslik statüsü kaldırılıp vilayet haline getirilerek, valiler tayin edildi.

Papa’nın çağrısıyla Almanya, Avusturya, Belçika, Bohemya, İtalya, Macaristan’dan toplanan elli bin piyade ve yirmi bin süvariden meydana gelen Hıristiyan ordusu, Avusturyalı Prens Mansfeld emrinde yardıma geldiğini haber alan Eflak Voyvodası Mihail, binlerce Müslümanı kılıçtan geçirip, her yeri harap etti. Prens Mansfeld, 1 Temmuz 1595 de Osmanlı idaresindeki Macaristan’ın Estergon Kalesini kuşattı. Serdar-ı ekrem Ferhad Paşanın ve eski Vezir-i azam Koca Sinan Paşanın taraftarları seferde bozgunculuk yaptılar. Ferhad Paşa vazifesinden alınarak, Koca Sinan Paşa tekrar Vezir-i azam ve serdarlığa getirildi. Birbiri ardına gelen felaketler ve ölümler sebebiyle düşman karşısında kesin zafere gidilemedi. Sadrazamlardan Ferhad Paşanın idamı, Lala Mehmed ve Koca Sinan Paşaların vefatları ve 27 Ekim 1595 Köprü Faciasıyla Akıncı Ocağının çok zarar görmesi neticesinde, Estergon, Vişegrad, Tegovişte, Yergöğü düşman eline geçti. Hıristiyanlar yerli ahaliye ve esir kumandanlara insanlık dışı fiillerde bulundular. Önemli devlet adamları ile 3500 asker, Voyvoda Mihail tarafından kazığa vuruldu.

Eflak ve Macaristan cephelerinde, Osmanlı şehirlerinin düşman ordularınca yıkılıp, yakılması, ahalinin kılıçtan geçirilmesine son vermek için Üçüncü Mehmed Han, Vezir-i azam Damad İbrahim Paşanın da tavsiyesiyle 20 Haziran 1596 tarihinde Eğri Seferine çıktı. Üçüncü Mehmed Hanın, ordusunun başında bizzat sefere çıkması askerleri coşturdu. Müslümanları zulümden kurtarmak için cihad aşkı ve şevkiyle Edirne, Filibe, Niş, Belgrad yolundan Sirem’e gelindi. 26 Ağustos 1596 tarihinde Sirem’deki Salankamen Kalesindeki harp meclisinde, isyan halindeki Erdel üzerine mi yoksa Avusturya işgalindeki Macaristan topraklarına mı sefer edilmesi müzakeresi yapıldı. Eğri’nin askeri strateji bakımından daha fazla kıymet arz etmesinden, Avusturya cephesi hedef tayin edildi. 21 Eylül 1596 tarihinde Macaristan topraklarındaki Eğri Ovasına gelen Sultan Mehmed Han, Otağ-ı Hümayuna yerleşti. 24 Eylül 1596 tarihinde başlatılan Eğri Kalesi kuşatmasında, 4 Ekimde dış kalenin fethinden sonra iç kale de 12 Ekimde teslim oldu. Eğri’deki Avusturya askeri cezalandırıldı. Şehrin en büyük kilisesi camiye çevrilerek, 18 Ekim Cuma günü Türk-İslam ananesince Sultan Mehmed Han, Cuma namazını burada kıldı.

Eğri fatihi Sultan Üçüncü Mehmed Han, 23 Ekim 1596 tarihi Harp meclisi kararınca ileri harekâta devam etti. 24 Ekim 1596 tarihinde, Haçova’da Alman, Avusturya, Çek, Fransız, İspanya, İtalyan, Leh, Macar, Papalık askerlerinden meydana gelen 300.000 mevcutlu Hıristiyan ordusuyla karşılaşıldı. 100-110.000 mevcutlu Osmanlı ordusu, 25 Ekim günü başlayan Haçova Meydan Muharebesinde 26 Ekimde düşman ordusunu mağlup etti. Haçova’da büyük bir zafer kazanılmasının ardından, 22 Aralık 1596 tarihinde İstanbul’a dönüldü. İstanbul’da Eğri ve Haçova zaferleri sevinciyle, üç gün üç gece merasim ve şenlikler yapıldı. Avusturya cephesine Satırcı Mehmed Paşa Serdar-ı ekremliğe tayin edildi.

Osmanlı Devletinin Avrupa cephesinde harplerle uğraşmasını fırsat bilen İran Safevi Devleti Anadolu’da, önce propaganda faaliyetlerini başlatıp, isyanlar çıkarttı. Celali isyanları denilen bölücü ve yıkıcı faaliyetlerin ardından, Safeviler, Osmanlı Devleti hududuna saldırdılar. Avusturya ve İran cephelerini halletmek çarelerini araştıran Üçüncü Mehmed Han, 1603 yılında 21/22 Aralık gecesi vefat etti. Ayasofya Camii bahçesindeki türbesine defnedildi.

Sultan Üçüncü Mehmed Han çok nazik, halim selim, vakur, kerim bir şahsiyete sahipti. Sancakbeyliğinden saltanata gelen son Osmanlı padişahıdır. Beş vakit namazını daima cemaatle kılardı. Devrin kaynakları dindarlığını, Peygamber efendimize, Hulefa-i raşidine, Eshab-ı kiram ve âlimlere hürmetini yazar. Bunların adı bahsedildiği an hürmeten ayağa kalkardı.